As Novas Aventuras da Turma da Mônica é dividido em 8 histórias, todas interligadas pela aparição do Jotalhão. O filme começa com a história "Oh, Que Dia!", exibindo um Cebolinha desastrado. Depois, em "Um Cão Bem Treinado", o personagem treina seu cão Floquinho para se defender dos ataques de Mônica. Em "O Vampiro", Mônica e Cebolinha interagem com um vampiro. A seguir, em "A Fonte da Juventude", os amigos de Cebolinha bebem água da fonte errada, ficando cada vez mais crianças. Em "Último Desejo", Mônica surpreende Cascão ao obedecer todas as ordens de Cebolinha. "O Monstro do Lago" mostra Chico Bento defendendo uma criatura aquática atacada pela população. "Cascão no País das Torneirinhas" mostra o personagem em um local repleto de água — elemento do qual Cascão tem medo. A última história é "O Grande Show", exibindo Mônica, Cebolinha e Cascão em uma apresentação.
