Kaiju Girls Black se passa em Soshigaya-okura, uma pequena cidade que não é tão barulhenta quanto a cidade nem tão tranquila quanto os subúrbios. Neste cenário prosaico, uma estudante comum chamada Satsuki Hiraga deseja se juntar à heróica organização Kaiju Girls, GIRLS. Um dia, ela desperta para poderes misteriosos, mas Satsuki é recrutada pelo Comandante Black da organização vilã, "BLACK STARS". O que uma garota Kaiju deve fazer?
