A viagem banal de Rokuro ao Sudeste Asiático se transforma de um cruzeiro de lazer para um festival de sofrimento quando piratas modernos o fazem refém. Revy, Dutch e Benny formam a implacável tripulação da Black Lagoon. Para eles, levar tiros enquanto contrabandeiam drogas, armas e bens roubados faz parte de um dia típico de trabalho — e Rokuro está se juntando à equipe.
